Ответ по существу
Да, если в российских базах стоит ограничение на выдачу паспорта или запрет, консульская подача в Уругвае не обходит это препятствие. Российский загранпаспорт оформляет российское консульское учреждение по правилам государства гражданства, а не уругвайские органы.
При стоп-листе консульство откажет в выдаче паспорта. То же относится к ситуации, когда запрет связан с российскими основаниями, например с военной обязанностью: это вопрос российских властей, а не Уругвая. Местная cédula или резиденция не могут заменить решение по национальной базе.
Важно отличать отказ в записи, запрос дополнительных документов и официальное решение об отказе. Если ограничение известно заранее, сначала стоит разобраться с его правовым статусом и возможностью обжалования, а уже потом тратить время и деньги на консульскую поездку или оформление анкеты.