Respuesta directa
Sí, al viajar en ferry entre Argentina y Uruguay hay que considerar dos controles fronterizos: es una ruta internacional, no un simple paseo hasta el muelle. El control empieza incluso antes de embarcar.
Por eso, el ferry no debe considerarse un transporte interno. Se necesita un documento válido, el derecho a cruzar las fronteras de ambos países y un margen de tiempo para los trámites, las colas, el equipaje y el embarque, especialmente los fines de semana y en temporada alta.
Para un viaje corto a Colonia, esto es especialmente importante: el casco histórico está cerca de la terminal, pero una demora en el control puede quitarle parte del día. Conviene elegir las salidas de forma que, tras la llegada, quede tiempo para un paseo tranquilo, los museos y la rambla, y no solo para el registro de regreso.